Сквозной сюжет охватывает несколько ключевых тайн и арок:
- Дело Джоанны Беккет: Убийство матери Кейт оказалось заказным политическим преступлением. В 1990-х группа милиционеров (включая капитана Монтгомери) похищала бандитов ради выкупа. Будущий сенатор Уильям Брэкен присвоил эти деньги для своей карьеры и нанял киллеров для ликвидации Джоанны, начавшей проверку. В 3 сезоне Монтгомери ценой жизни убивает исполнителя Локвуда, а в 6 сезоне Беккет находит аудиозапись с признанием и арестовывает Брэкена.
- Противостояние с 3XK: Серийный убийца Джерри Тайсон и доктор Келли Ниман ведут многолетнюю войну против отдела, похищают Беккет, но в 7 сезоне их окончательно уничтожают.
- Исчезновение Касла: Похищение писателя в день свадьбы в финале 6 сезона было организовано при участии его отца-спецагента Джексона Ханта для предотвращения теракта, после чего Каслу стёрли воспоминания.
- Синдикат «ЛокСат» и финал: В 8 сезоне выясняется существование куратора Брэкена в ЦРУ под именем ЛокСат (Мейсон Вуд). После его разгрома сообщник Калеб Браун стреляет в лофте в Касла и Беккет. Раненые герои держатся за руки, после чего показан флешфорвард на 7 лет вперёд с их семейной жизнью и тремя детьми.