Ключевым моментом, который становится понятен лишь в полной мере после всего просмотра, является трагическая ирония финала. Арсеньев, желая спасти стареющего и теряющего зрение Дерсу, забирает его в город. Он действует из лучших побуждений, но именно этот акт милосердия и становится причиной гибели его друга. Жизнь в Хабаровске для «лесного человека» оказывается невыносимой тюрьмой. Запреты на разведение костров, охоту, строительство жилища — все то, что составляло суть его жизни, оказывается под запретом. Он теряет смысл своего существования.
Когда Дерсу, не выдержав, уходит обратно в тайгу, Арсеньев дарит ему на прощание новую, дорогую винтовку — опять же, из лучших побуждений, чтобы тот мог себя защитить и прокормить. Но именно эта винтовка, символ цивилизации и статуса, привлекает грабителей и становится прямой причиной его убийства. Таким образом, оба жеста «помощи» от цивилизованного друга оборачиваются для Дерсу смертельным приговором. Финал раскрывает главную мысль Куросавы: цивилизация, даже с самыми благими намерениями, разрушительна для мира природы, потому что они существуют по несовместимым законам.
Сцена, где Арсеньев ищет могилу друга спустя несколько лет и не может ее найти, потому что местность изменилась до неузнаваемости из-за строительства, ставит финальную точку. Цивилизация не просто убила Дерсу — она стерла даже память о нем, поглотив то место, где он нашел свой последний приют. Это мощная метафора того, как «прогресс» уничтожает прошлое и саму природу.