Ключевым сюжетным поворотом является то, что Декстер выживает после выстрела в финале «Новой крови». Он просыпается в больнице, где его встречает Анхель Батиста, который наконец-то узнал, что Декстер — Мясник из Бэй-Харбор. Однако благодаря неким закулисным махинациям (возможно, связанным с ЦРУ, на которое он ссылался ранее) с Декстера снимают все обвинения, и он может свободно передвигаться.
Главным антагонистом сезона оказывается миллиардер-филантроп Леон Пратер, которого играет Питер Динклэйдж. Он — «коллекционер» серийных убийц, создавший для них тайное общество. Ума Турман играет его начальницу службы безопасности, Чарли. В эту организацию входят и другие убийцы, роли которых исполняют Нил Патрик Харрис, Кристен Риттер и другие. Они не просто убивают по своему желанию, а являются частью большой игры Пратера.
Гаррисон, пытаясь жить нормальной жизнью в Нью-Йорке, все же поддается своей темной стороне и совершает убийство, следуя «Кодексу», которому его заочно научил отец. Декстер находит его и начинает тайно обучать, пытаясь предотвратить его ошибки. В финале сезона Декстеру и Гаррисону приходится объединиться, чтобы противостоять Пратеру и его организации. Финал оставляет открытым вопрос их дальнейшей судьбы: Декстеру удается уничтожить Пратера, но он и Гаррисон оказываются в розыске. Батиста, видя, что Декстер сражается с большим злом, отступает, но не прекращает своего расследования, что создает задел на второй сезон.