Фильм мастерски играет с ожиданиями зрителя. Весь сюжет строится вокруг поиска трех магических доспехов (Меч, Нагрудник, Шлем), которые якобы нужны Кубо для победы. Главный твист №1: Спутники Кубо — это его родители. Обезьяна — это реинкарнация матери в деревянном талисмане, а Жук — это проклятый и лишенный памяти отец (Хандзо). Трагизм ситуации в том, что Кубо теряет их во второй раз: они погибают в битвах с сестрами прямо на его глазах.
Главный твист №2: Доспехи оказываются бесполезными (red herring). Когда Кубо надевает их, они не дают ему силы одолеть Лунного Короля. Настоящее оружие — это сямисэен. Кубо понимает, что дед хочет лишить его памяти и человечности. Тогда Кубо натягивает на сямисэн волос матери, тетиву отца и свой волос, символизируя воссоединение семьи. Магия любви и памяти ослепляет Лунного Короля, лишая его демонической силы и воспоминаний. Финал с бумажными фонариками на празднике Обон окончательно утверждает мысль, что мертвые живы до тех пор, пока живы истории о них.