Повествование сериала строится на череде масштабных сюжетных деконструкций и эмоциональных твистов:
- Тайна Зелёного Ниндзя (1 сезон): Вопреки ожиданиям Кая, Избранным оказывается юный Ллойд Гармадон, вынужденный встать против собственного отца.
- Природа и самопожертвование Зейна (1 и 3 сезоны): Открытие роботизированной сути Зейна сменяется его трагической гибелью при перегрузке ядра ради победы над Оверлордом и последующим возрождением в виде Титанового Ниндзя.
- Падение Морро (5 сезон): Первый ученик Ву возвращается призраком из зависти к Ллойду, обнажая былые педагогические ошибки самого сэнсэя.
- Личность «Молчаливого» (8 сезон): Принцесса Харуми оказывается лидером преступного культа, мстящей ниндзя за гибель родителей, и успешно воскрешает Гармадона в образе безжалостного демона Они.
- Уход Нии в океан (14 сезон): В битве с Воджирой Ния сливается с первобытной стихией Воды, жертвуя физическим телом и человеческой жизнью.
- Финал саги («Crystalized»): Хрустальным Королем оказывается Оверлорд. Ллойд отказывается от слепой ярости формы Они; команда ниндзя жертвует стихиями, призывает Дракона Кружитцу через Золотое Оружие и сокрушает материальное тело тьмы, после чего все союзники восстанавливают Монастырь.