Сюжетная линия сериала раскрывает сложную предысторию и эволюцию глобального конфликта:
- Сезон 1: Гарольд Финч нанимает Джона Риза. Выясняется, что Финч создал Машину вместе с партнёром Нейтаном Ингрэмом, погибшим при подстроенном властями взрыве на пароме. Финч инсценировал гибель и оставил себе бэкдор для спасения «неактуальных» номеров.
- Сезон 2: Команда сражается с синдикатом коррумпированных копов HR. Выясняется, что Машина благодаря скрытому протоколу сама переместила свои сервера в неизвестное место, став полностью автономной. К группе примыкает экс-ликвидатор спецслужб Самин Шоу.
- Сезон 3: Синдикат HR разгромлен, но в ходе конфликта погибает детектив Джосс Картер. Теневая корпорация Decima во главе с Джоном Гриром завладевает альтернативным кодом ИИ и запускает «Самаритянина», который берет инфраструктуру страны под контроль и объявляет героев вне закона.
- Сезон 4: Герои выживают под фальшивыми личностями в подполье. Шоу попадает в плен к врагам и проходит через тысячи ментальных симуляций. В финале Самаритянин уничтожает инфраструктуру Машины, но Финч и Рут успевают сжать её исходник в портативный чемодан.
- Сезон 5 и финал: Машину восстанавливают на заброшенной станции метро. При защите Финча погибает Рут, после чего Машина перенимает её голос. Гарольд выпускает разрушительный вирус Ice-9, уничтожающий глобальные сети и оба ИИ. В финальной схватке на крыше Риз запирает Финча в безопасности и ценой собственной жизни под ракетным ударом обеспечивает уничтожение копии Самаритянина.
Развязка: Джон Риз погибает спасителем, Самаритянин полностью уничтожен, а Финч отправляется в Париж и воссоединяется со своей невестой Грейс. В финальных кадрах Самин Шоу слышит звонок уличного таксофона — копия Машины восстановилась со спутника и продолжает работу.