Сюжетная архитектура Omega строится на каскаде скрытых разоблачений, переворачивающих представление о расстановке сил:
- Тайна происхождения Коги и Арии: В решающей битве прошлого против Марса метеорит тьмы упал на Землю, разделив первородную силу. Ария впитала Свет Афины, а Кога — Тьму бога Апсу. Саори воспитывала мальчика как собственного сына, сознательно пытаясь уберечь его душу от пробуждения древнего бога хаоса.
- Смерть Арии и падение Домов: Гибель Арии в 27-й серии разрушает иллюзии Эдена о непогрешимости его отца Марса. В ходе штурма Двенадцати Домов выясняется, что Марс сам стал пешкой в руках колдуньи Медеи, манипулировавшей богами ради пробуждения владыки бездны Апсу.
- Двуличие Субару и пробуждение Сатурна: Главный твист второго сезона заключается в личности эксцентричного Стального Святого Субару. Он оказывается не просто союзником, а воплощением верховного бога времени Сатурна, стершего собственную память, чтобы изнутри изучить феномен слабости и отваги смертных.
В финале Кога использует силу уз со всеми павшими и живыми соратниками, доказывая Сатурну, что человечество заслуживает шанса на будущее, заставляя бога времени отступить и сохранить жизнь на Земле.