Шрек находит Артура, но по дороге их корабль терпит крушение на острове, где живёт Мерлин, бывший учитель Артура. Тем временем Чарминг захватывает Тридевятое царство, берёт в плен Фиону и её окружение, а затем и Шрека с друзьями.
Чтобы защитить Артура, Шрек лжёт Чарминга: говорит, что привёз его лишь как пешку, чтобы самому не становиться королём. Чарминг щадит Артура. С помощью королевы Лилиан пленники выбираются из темницы. Во время театральной казни Шрека публика издевается над Чармингом. Фиона и принцессы врываются на сцену, а Артур произносит речь, убеждающую злодеев отказаться от зла.
Чарминг бросается на Артура с мечом, Шрек прикрывает его и «ранен», но удар промахнулся. Дракон обрушивает башню на Чарминга. Артур становится королём, а Шрек возвращается к семье.
Скрытый смысл: Шрек учится быть отцом, наставляя Артура, то есть сначала становится приёмным «отцом», а лишь потом — настоящим.