Убив гривера створками дверей, Томас и Минхо находят в его останках электронное устройство «W.C.K.D. Секция 7», которое оказывается ключом, открывающим доступ в технический сектор («Нору Гриверов»). Вскоре двери Лабиринта перестают закрываться: монстры прорываются в лагерь и убивают многих подростков, включая Алби. Чтобы вернуть воспоминания, Томас намеренно жалит себя иглой гривера. Он вспоминает, что они с Терезой работали на руководство эксперимента.
Отвергнув попытку обезумевшего Гэлли принести их в жертву, Томас возглавляет группу беглецов. Пробившись сквозь чудовищ в Лабиринте, герои активируют кодовый терминал и выходят в диспетчерский центр. Там они находят тела ученых и видеозапись руководителя проекта — доктора Авы Пейдж. Она сообщает, что Землю сожгла солнечная вспышка («Жаровня»), а человечество истребляет вирус «Вспышка». Лабиринт служил нейробиологическим стресс-тестом для изучения иммунных подростков и поиска вакцины. Со словами «Wicked is good» Пейдж стреляет себе в висок на записи.
В лабораторию врывается ужаленный гривером Гэлли с пистолетом. Минхо убивает его копьём, но Гэлли успевает застрелить Чака, погибающего на руках у Томаса. Подростков эвакуирует отряд вооружённых солдат, доставляя на вертолёт.
Финальный твист: с высоты птичьего полёта выжившие видят колоссальный Лабиринт среди песчаной пустоши. В этот момент живая Ава Пейдж стирает с лица фальшивую кровь и докладывает руководству, что испытания прошли успешно и начинается «Фаза 2». Побег был спланированной частью эксперимента.