Секретные материалы - Объяснение концовки

В ходе сериала выясняется, что сестра Малдера, Саманта, не была похищена для экспериментов, как он думал, а умерла в детстве и стала «духом звездного света» (спасенной душой), что закрывает его главный гештальт в 7 сезоне.

Глобальный заговор заключался в сотрудничестве Синдиката с пришельцами для создания гибрида человека и инопланетянина (проект «Чистота») ради выживания элиты при колонизации. Синдикат был уничтожен безликими повстанцами в 6 сезоне.

Самый большой и противоречивый твист 11 сезона: Уильям (сын Скалли) — не сын Малдера. Выясняется, что Курильщик (который оказывается отцом Малдера, делая его и Малдера сводными родственниками) оплодотворил Скалли с помощью инопланетной науки в эпизоде 7 сезона «En Ami». В финале Малдер убивает Курильщика, Уильям (обладающий сверхсилами) инсценирует свою смерть, а Скалли сообщает Малдеру, что снова беременна — на этот раз, предположительно, от него.

Существует интерпретация сериала как религиозной аллегории, где Малдер выступает фигурой мученика/мессии, ищущего высшую истину и воскресающего (в прямом и переносном смысле), а Скалли — апостола, чья вера проходит испытание. Другая точка зрения рассматривает шоу как политическую историю США: от паранойи пост-Уотергейта и распада СССР в ранних сезонах до цинизма эпохи Буша и страха перед терроризмом в поздних. Также финал 11 сезона часто интерпретируют как мета-комментарий Криса Картера о невозможности закончить историю, пока живы её рассказчики.