Ключевой сюжетный поворот фильма заключается в том, что Сентинел Прайм, почитаемый лидер Кибертрона, на самом деле является предателем. Он не ищет Матрицу Лидерства, потому что он заключил сделку с Квинтессонами — злой расой, которая нападает на планету. В обмен на власть Сентинел тайно отдает им часть добытого Энергона и лишает шахтеров шестерней трансформации, чтобы подавить любое возможное сопротивление. Орион Пакс и Ди-16, добравшись до поверхности, находят пещеру с телами древних Праймов, включая Мегатронуса Прайма, и встречают Альфа Триона. Именно он раскрывает им правду и дарует шестерни трансформации.
В финале герои возвращаются в Иакон, чтобы свергнуть Сентинела. Во время битвы Орион Пакс смертельно ранен. Дух Праймуса (самого Кибертрона) говорит с ним и передает ему Матрицу Лидерства, воскрешая его как Оптимуса Прайма. Ди-16, в ярости от предательства Сентинела и одержимый идеей, что только сила может защитить их мир, убивает Сентинела. Он отказывается следовать за Оптимусом, считая его идеалы слабостью. Ди-16 берет себе имя Мегатрон и провозглашает создание новой армии — Десептиконов. Концовка фильма — это окончательный разрыв между бывшими друзьями. Оптимус изгоняет Мегатрона и его последователей из Иакона, что становится отправной точкой Великой войны за Кибертрон. Фильм заканчивается на мощном моменте, когда бывшие братья становятся заклятыми врагами, закладывая основу для всей последующей саги. В сцене после титров показывают, что Мегатрон и его Десептиконы готовятся к ответному удару, что является прямым намеком на продолжение.