Глубинный анализ сюжета "Villainous" показывает, что за комедийным фасадом скрывается трагическая история Доктора Флага. Ключевой поворот происходит в шестом эпизоде, "The Heedeous Heart", где раскрывается, что Флаг (чьё настоящее имя, возможно, Кеннинг) был учёным, работавшим с героиней Мисс Хид, в которую он был влюблён. Однако она предала его, украв его разработки и славу, что привело к некой катастрофе, в результате которой он, предположительно, потерял лицо и веру в добро. Его присоединение к Блэк Хэту — это не просто случайность, а следствие глубокой психологической травмы и желания отомстить миру героев, который его отверг.
Главный антагонист со стороны "добра", супергерой Голдхарт, также тесно связан с прошлым Флага. Фанаты предполагают, что они могут быть братьями или бывшими лучшими друзьями, чьи пути разошлись. Голдхарт олицетворяет всё то, чем Флаг не стал: публичное обожание, уверенность в себе и славу. Однако Голдхарт показан как невероятно самовлюблённый и лицемерный персонаж, что ещё больше стирает грань между добром и злом. Их финальное противостояние, к которому медленно подводит сериал, обещает быть не просто битвой героя и злодея, а личной драмой двух сломленных людей.
Самая большая тайна — это природа самого Блэк Хэта. Сериал и ARG содержат множество намёков на то, что он — не просто демон, а древнее космическое существо, возможно, связанное с Лавкрафтовскими Великими Древними (его образ напоминает Ньярлатотепа). Он существует вне времени и пространства и, возможно, является создателем или разрушителем вселенных. Его организация — лишь одна из его многочисленных игр. Финал сериала, вероятно, не будет заключаться в его "поражении", так как он практически всемогущ, а скорее в раскрытии его истинных, непостижимых для человека целей, что может привести к ещё более ужасающим последствиям для всей мультивселенной.