Сюжет стартует в Древнем Египте, где после восстания людей Эн Сабах Нур оказывается погребён заживо при попытке переноса разума. Пробудившись в 1983 году, он вербует Шторм, Псайлок, Ангела и сломленного гибелью семьи Магнето, наделяя их новыми силами.
Захватив Ксавьера через «Церебро», злодей разоружает мировые державы, запустив ядерные ракеты в космос. При взрыве особняка, спровоцированном Хавоком, школу спасает Ртуть. Освободив команду из плена полковника Страйкера на базе Алкали с помощью разъярённого Оружия Икс (Росомахи), юные мутанты отправляются в Каир.
В кульминации битвы Ксавьер и Мистик возвращают Магнето на сторону добра. Профессор призывает Джин Грей перестать сдерживать силы, в результате чего проявившаяся аура Феникса распыляет Апокалипсиса. Финал знаменует рождение новой команды Людей Икс, готовых к защите мира.