Ключевым сюжетным поворотом, который полностью меняет восприятие фильма, является раскрытие истинных мотивов Степного Волка и введение верховного злодея — Дарксайда. В театральной версии Степной Волк был простым завоевателем. Здесь же он — изгнанник, пытающийся заслужить прощение своего повелителя Дарксайда, которого он предал. Это придаёт его действиям трагический оттенок.
Важнейший элемент сюжета — Уравнение Анти-Жизни, мистическая формула, позволяющая уничтожить свободу воли и контролировать все живые существа. Степной Волк обнаруживает, что уравнение спрятано на Земле, что и делает нашу планету главной целью Дарксайда. Это поднимает ставки до вселенского масштаба.
Воскрешение Супермена в режиссёрской версии проходит иначе. Киборг получает видение апокалиптического будущего ("Knightmare"), в котором Дарксайд убивает Лоис Лейн, а убитый горем Супермен поддаётся влиянию Уравнения Анти-Жизни и становится тираном на службе зла. Это видение объясняет страхи Бэтмена из предыдущего фильма и закладывает основу для отменённых сиквелов, где Флэшу пришлось бы путешествовать в прошлое, чтобы предотвратить смерть Лоис.
Финал также кардинально отличается. Лига не просто побеждает Степного Волка; они жестоко его казнят. Аквамен пронзает его трезубцем, Супермен испепеляет тепловым зрением, а Чудо-женщина обезглавливает его, отправляя его голову через портал к ногам Дарксайда. Это не просто победа, а дерзкое послание космическому тирану, который после этого решает лично отправиться на Землю.
Эпилог завершается двумя ключевыми сценами. Во-первых, расширенное видение "Knightmare", где Бэтмен объединяется с Киборгом, Флэшем, Мерой, Дефстроуком и Джокером. Во-вторых, появление Марсианского Охотника, который всё это время скрывался под личиной Генерала Суонвика и теперь предлагает Бэтмену свою помощь в грядущей войне. Это полностью меняет финал, превращая его из завершённой истории в пролог к гораздо более масштабному конфликту.