В первом сезоне Тома спасает Индекс, но её защитная система уничтожает его мозговые клетки, отвечающие за память. До конца сериала Тома симулирует воспоминания перед близкими. Параллельно он разрушает эксперимент Академграда, избивая непобедимого Акселератора и спасая выживших клонов Мисаки.
Во втором сезоне фокус смещается на международные церковные заговоры и радикальную фракцию «Правое место Бога» (God's Right Seat), стремящуюся лишить человечество первородного греха и перестроить мир по библейским лекалам.
Кульминация наступает в третьем сезоне во время Третьей мировой войны, развязанной лидером фракции Фиаммой Справа:
- Хамазура побеждает наёмников Академграда и защищает Рико, добывая компромат на руководство города.
- Акселератор расшифровывает песню магии через гримуары Индекс, пробуждает белые ангельские крылья и ценой своего тела исцеляет Ласт Ордер.
- Тома сражается с Фиаммой на летающей крепости «Звезда Вифлеема». Когда Фиамма отрубает Томе правую руку, из культи вырывается древняя разрушительная сила («Невидимая вещь»), которая восстанавливает конечность. Тома побеждает Фиамму, но жертвует собой, оставаясь на падающей в океан крепости для корректировки курса.
В финале мир спасён: Тома тонет в Северном Ледовитом океане (где его полуживым подбирает орден «Рассвет золотого света»), Акселератор заключает перемирие с властями Академграда, а Хамазура обеспечивает безопасность своим близким.