Сюжетная структура раскрывает постепенное обнажение темных тайн Города Академии:
Сезон 1 (Level Upper и Poltergeist): Микото расследует распространение звукового файла «Level Upper», повышающего ранг эсперов ценой впадения в кому. Виновницей оказывается исследовательница Харуми Кияма, стремившаяся использовать объединенную мозговую сеть для поиска лекарства для своих бывших учеников («Child Error»), брошенных умирать в ходе эксперимента. Героини побеждают ментального монстра и спасают детей.
Сезон 2 (Трагедия Сестёр и Silent Party): Микото узнает, что ее ДНК была использована для создания 20 000 клонов («Sisters»). Суперкомпьютер «Tree Diagram» рассчитал, что сильнейший эспер Акселератор достигнет Уровня 6, убив 20 000 клонов в боях. Потерпев сокрушительное поражение от Акселератора и дойдя до истощения в боях с группировкой ITEM, Микото решает пожертвовать жизнью, чтобы сломать расчеты суперкомпьютера. Ее спасает Тома Камидзё: силой своей правой руки «Imagine Breaker» он побеждает Акселератора, закрывая эксперимент и сохраняя жизнь 10 000 выжившим клонам. В арке «Silent Party» девушки защищают андроидов Фебри и Джени от консорциума Study.
Сезон 3 (Фестиваль Дайхасэй и Dream Ranker): Безумный ученый Кихара Генсей пытается насильственно возвысить Микото до Уровня 6 с помощью вируса «Shadow Metal» и сети клонов ценой ее жизни и разрушения города. Микото объединяется с соперницей Мисаки Сёкухо. В грандиозной битве Тома Камидзё и Гунха Согита сдерживают силу трансформирующейся Микото, пока Сёкухо побеждает Генсея. В арке «Dream Ranker» героини противостоят угрозе карт снов и спасают разделенного на душу и тело киборга Рёко Курибой.