Повествование структурировано по пяти ключевым сезонам:
- Сезон 1 (Каноническая часть 1–17): Рин узнает, что является сыном Сатаны. Сатана пытается утащить его в Геенну, вселившись в Сиро Фудзимото; Сиро совершает самоубийство, чтобы спасти приёмного сына. Рин обнажает меч Курикара, пробуждая синее пламя. Поступив в Академию Истинного Креста, он встречает Юкио (который уже является экзорцистом и его учителем). Во время атаки демона Амаймона Рин вынужден обнажить меч на глазах у одноклассников, раскрывая свою тайну.
- Сезон 2 (Kyoto Saga): Орден держит Рина под стражей. Эквайры отправляются в Киото защищать «Глаза Нечистого Короля». Друзья боятся Рина, но предательство Тодо и возрождение древнего гигантского демона Нечистого Короля заставляют их объединиться. Рин, обуздав пламя с помощью очищающей мантры Уччушмы, уничтожает демона, не причинив вреда людям, и заслуживает прощение товарищей.
- Сезон 3 (Shimane Illuminati Saga): Выясняется, что Рэндзо Сима — шпион организации «Иллюминаты» во главе с Люцифером. Идзумо похищают: её мать Тамамо держали в лаборатории как носительницу девятихвостого лиса для экспериментов над эликсиром бессмертия. Эквайры штурмуют базу в Сэмане, спасая Идзумо. Люцифер объявляет открытую войну Ордену, а Мефисто признается, что ведёт собственную тайную игру.
- Сезон 4 (Beyond the Snow Saga): Экзорцисты спасают Сюру от древнего родового пакта со змеиным богом Хатиротаро в снегах Аомори. Параллельно нарастает депрессия Юкио: у него пробуждается пламя в глазах, но он скрывает это от Рина и пытается застрелиться, осознавая собственное бессилие, после чего связывается с Люцифером.
- Сезон 5 (The Blue Night Saga): Рин отправляется в прошлое через артефакт Мефисто, раскрывая правду о катастрофе «Синей ночи». Выясняется, что их мать Юри Эгин любила бестелесного Сатану и пыталась научить его человечности. Орден держал Сатану в искусственном теле клона; потеряв контроль, Сатана устроил бойню «Синей ночи», сжигая экзорцистов. Сиро спас новорожденных близнецов ценой своей жизни в будущем. Рин и Юкио окончательно осознают цену жертвы своих родителей.