Главный сюжетный твист, кардинально меняющий восприятие всего сериала, раскрывается в нескольких этапах. Изначально зритель полагает, что человечество сражается с монстрами-клаксозаврами под руководством мудрых правителей из APE. Однако, правда оказывается куда сложнее.
Твист №1: Истинная природа клаксозавров и APE. В 19-й серии раскрывается, что клаксозавры — это не бездушные монстры, а бывшие обитатели Земли, раса гуманоидов, которая эволюционировала, слившись с магматической энергией, чтобы защитить планету. Настоящими злодеями оказываются «Папы» и верхушка APE — это члены инопланетной расы VIRM, коллективного разума, который путешествует по вселенной, поглощая цивилизации и предлагая им ложное бессмертие через отказ от индивидуальности и физических тел. Именно VIRM много веков назад напали на цивилизацию клаксозавров, и именно они обманом заставили человечество использовать магматическую энергию, что и привело к разрушению планеты.
Твист №2: Происхождение Зеро Ту. Зеро Ту является клоном Принцессы Клаксозавров, созданным доктором Франксом. Её цель, с точки зрения APE, была стать пилотом для супероружия, способного уничтожить клаксозавров. Её стремление стать «человеком» было побочным эффектом её происхождения и детской травмы.
Твист №3: Финал и самопожертвование. В финальной арке главным врагом становятся не клаксозавры, а VIRM. Хиро и Зеро Ту, объединившись с Принцессой Клаксозавров, отправляются в космос, чтобы сразиться с VIRM на их родной планете. Чтобы уничтожить коллективный разум VIRM, они жертвуют своими физическими телами, сливаясь с гигантским Франксом «Стрелиция Апус» и инициируя взрыв. Их души остаются вместе, странствуя в космосе, пока спустя тысячелетия не перерождаются на восстановленной Земле. Этот финал переосмысливает всю борьбу героев: они сражались не просто за выживание, а за право на индивидуальность, любовь и естественный цикл жизни против инопланетной угрозы, стремящейся к унификации и стагнации. Становится понятно, что история с самого начала была не о войне с монстрами, а о защите самой концепции жизни и любви от космической угрозы.