"Время Доктора" является кульминацией всей эры Одиннадцатого Доктора, раскрывая несколько ключевых тайн. Главный твист заключается в том, что Одиннадцатый Доктор на самом деле является тринадцатым и последним воплощением в своём первом регенерационном цикле. Это объясняется тем, что Десятый Доктор потратил одну регенерацию на исцеление, сохранив внешность (события "Украденной Земли"/"Конца путешествия"), а между Восьмым и Девятым Докторами существовало ранее неизвестное "Военное" воплощение (Джон Хёрт), которое сражалось в Войне Времени. Таким образом, Доктор действительно умирает от старости на Трензалоре, не имея возможности регенерировать.
Разрешение сюжета происходит в момент, когда Клара обращается с мольбой о помощи к Повелителям Времени через трещину во времени. Услышав её, они даруют Доктору совершенно новый цикл регенераций. Поток регенерационной энергии не только омолаживает его, но и даёт ему силу уничтожить флот далеков, осаждавший планету. Этот акт "божественного вмешательства" спасает и Доктора, и жителей Рождества.
Концовка показывает внезапную и резкую регенерацию. После эмоционального прощания с Кларой и видения Эми Понд, Доктор мгновенно превращается в Двенадцатого Доктора (Питер Капальди). Его первые слова: "Просто один вопрос. Ты случайно не умеешь управлять этой штукой?" — указывают на дезориентацию и начало совершенно новой главы. Резкость регенерации контрастирует с затянутым и мучительным уходом Десятого Доктора, символизируя не столько смерть, сколько перезагрузку. Скрытый смысл финала в том, что сериал, как и его главный герой, получил "новый набор жизней" и готов двигаться дальше, полностью обновлённым.