Хотя сериал имеет эпизодический формат, каноническая сквозная линия раскрывается в ключевых спецвыпусках.
Выясняется, что пребывание Дораэмона полностью меняет временную линию Нобиты. В альтернативном будущем Нобита не терпит банкротства и не женится на Джайко; вместо этого он взрослеет, проявляет доброту, берется за учебу и женится на Сидзуке.
Эмоциональный твист арки «Goodbye, Doraemon» заключается в том, что когда Дораэмон выполняет главную задачу и должен вернуться в XXII век, Нобита выпивает волшебный эликсир «Uso 800» (превращающий любое сказанное слово в противоположную правду). В слезах произнося: «Дораэмон больше никогда не вернется», Нобита активирует зелье, заставляя Дораэмона вернуться навсегда.
Скрытый смысл: Дораэмон остаётся с Нобитой уже не как назначенный «исправитель судьбы», а как равный и верный друг на всю жизнь.