Главная идея фильма — это принятие реальности и прощание с прошлым. Создатель франшизы, Хидэаки Анно, использует финал как метафору собственного прощания с «Евангелионом» — миром, который был для него и спасением, и проклятием. Фильм утверждает, что жизнь, со всеми её несовершенствами, болью и расставаниями, стоит того, чтобы её жить. Он противопоставляет эскапизм и бегство в мир грёз (что символизирует проект «Комплементация») необходимости взрослеть, брать на себя ответственность и строить отношения с другими людьми в реальном мире.
Центральное послание заключается в том, что можно найти счастье и смысл, не переделывая мир под себя, а находя своё место в нём. Синдзи, пройдя путь от полного отрицания до принятия, в итоге создаёт «Неоновый Генезис» — новый мир без Евангелионов, символизирующий освобождение от травм прошлого и начало новой, взрослой жизни для всех персонажей. Это фильм о взрослении, прощении (в том числе и самого себя) и надежде на то, что даже после самых страшных катастроф возможно исцеление и новое начало.