Ключевой сюжетный поворот заключается в том, что эпидемия собачьего гриппа была создана и распространена искусственно по приказу мэра Кобаяси. Его семья исторически была кланом любителей кошек, которые враждовали с собаками. Профессор Ватанабэ, нашедший лекарство, был убит агентами мэра, чтобы правда не вышла наружу.
Другой важный твист — судьба Спотса. Атари находит его, но тот стал вожаком племени аборигенных собак, которые жили на острове задолго до изгнания, и ждет потомство. Он больше не может быть телохранителем Атари и передает эту роль Шефу, который, как выясняется, является его братом. Это придает арке Шефа завершенность: бездомный пес находит семью и предназначение.
В кульминации Атари и собаки прибывают на материк во время церемонии переизбрания мэра. Трейси представляет доказательства заговора, а Атари произносит трогательное хайку, которое заставляет Кобаяси раскаяться. Мэр отменяет указ об изгнании и в качестве искупления отдает свою почку для спасения тяжело раненого Атари. В финале Атари становится новым мэром Мегасаки, собаки возвращаются в общество, а он и Трейси становятся парой. Этот хэппи-энд, где справедливость торжествует, а злодей раскаивается, подчеркивает сказочный и притчевый характер истории.