После того как Стефан случайно выпускает малыша Марсупилами из посылки, Давид осознает истинную цель своего босса Джеффри Мэлоуна. Мэлоун планировал не просто привезти редкое животное в зоопарк, а продать его за огромные деньги на черном рынке.
Снятые пассажирами видео с Марсупилами попадают в сеть, привлекая к кораблю браконьеров. На борту начинается хаотичная погоня, в ходе которой Давид объединяется со своей бывшей женой Тесс, сыном Лео и Паблито. Давид отказывается передать зверька людям Мэлоуна, окончательно выбирая сторону семьи и справедливости.
В кульминации фильма герои прибывают на побережье Паломбии, где устраивают ловкую ловушку для Мэлоуна и его головорезов. Благодаря слаженным действиям и помощи таможенника Раймона (Альбан Иванов), преступников арестовывают. Малыш Марсупилами благополучно возвращается в тропический лес к своей семье. Давид и Тесс осознают, что все еще любят друг друга, и воссоединяются, образуя крепкую счастливую семью.