Ключевые повороты сюжета:
- Укус и тайны Oscorp: Питер пробирается в секретный сектор Oscorp и находит лабораторию с патентованными пауками, разработка которых была начата его отцом.
- Трагедия дяди Бена: Питер отпускает грабителя из упрямства и обиды на продавца магазина; этот же грабитель спустя минуты убивает дядю Бена.
- Превращение Коннорса: Введенный в заблуждение давлением руководства Oscorp, Коннорс тестирует сыворотку на себе, восстанавливает руку, но превращается в Ящера.
- Раскрытие тайны: Капитан Стейси узнает, что под маской Человека-Паука скрывается Питер, после того как Паук спасает его дочь и пытается предупредить о планах Коннорса.
Развязка и смысл концовки:
На крыше башни Oscorp Ящер пытается запустить генератор, чтобы распылить сыворотку и превратить всех жителей города в гибриды рептилий. Гвен создает антидот в лаборатории, а рабочие города помогают Пауку добраться до башни, выстроив краны. В жестоком бою капитан Стейси получает смертельные ранения от когтей Ящера. Питеру удается запустить антидот, возвращая Коннорса в человеческий облик; Коннорс спасает падающего Питера, когда действие сыворотки проходит.
Умирая, капитан Стейси берет с Питера клятву: держаться подальше от Гвен, чтобы защитить её от опасности, неизбежно окружающей Человека-Паука. Питер пропускает похороны капитана и отдаляется от Гвен, выполняя обещание. Однако в финальной сцене в школе учитель замечает: «Не делайте обещаний, которые не сможете сдержать», на что Питер тихо шепчет Гвен: «Но ведь они самые лучшие». Фильм заканчивается полетом Человека-Паука над ночным городом, показывая, что Питер принял свою судьбу героя, но не готов отказаться от своей любви.