Сюжет «Бэтмена» изобилует сложными многослойными твистами. Первый крупный поворот — это шокирующее разоблачение программы «Обновление» (Renewal), благотворительного фонда Томаса Уэйна, который после его смерти был захвачен мафией и коррумпированными чиновниками (включая мэра и окружного прокурора). Оказывается, что весь город годами финансировался грязными деньгами, отмытыми через сиротские приюты.
Второй мощный твист касается происхождения Женщины-кошки. Выясняется, что Селина Кайл — незаконнорожденная дочь главного криминального авторитета Готэма, Кармайна Фальконе. Именно Фальконе стоит за убийством ее подруги Анники, так как девушка случайно узнала самую страшную тайну города: Фальконе является полицейским информатором, контролирующим полицию и убирающим конкурентов руками копов (он и есть та самая «крыса» из загадок).
Третий поворот беспощадно бьет по наследию Уэйнов. Загадочник раскрывает, что отец Брюса, Томас Уэйн, обращался к Фальконе за помощью, чтобы запугать репортера, который раскопал историю о психическом заболевании матери Брюса. Фальконе хладнокровно убил журналиста, сделав Томаса соучастником. Это навсегда разрушает идеализированный образ родителей в глазах Брюса.
Анализ концовки: План Загадочника оказывается куда страшнее, чем убийство политиков. Его истинная цель — уничтожить дамбы и затопить Готэм, стерев его с лица земли, как библейский потоп, и убив элиту, собравшуюся на стадионе. В ходе финальной битвы Бэтмен с ужасом слышит, как один из террористов повторяет его собственную фразу: «Я — возмездие». Это жестокий катарсис для героя: он понимает, что сам был вдохновителем террористов. В кульминационной сцене Бэтмен буквально падает в грязную воду, чтобы зажечь красный факел и вывести раненых людей к спасению. Он перестает быть ночным кошмаром и становится светом. Зловещее камео Джокера (Барри Кеоган) в лечебнице Аркхем в самом финале служит леденящим напоминанием, что битва за душу Готэма только началась.