Сюжет стартует после убийства Клетуса Кэссиди: Эдди и Веном возвращаются в свою вселенную, но сталкиваются с космической угрозой. Пробудившийся бог симбиотов Налл, запертый на планете Клинтар, отправляет на Землю монстров-ксенофагов за «Кодексом» — молекулярным ключом, возникшим в момент, когда Веном воскресил Эдди из мёртвых. Монстры выслеживают Кодекс только тогда, когда Веном трансформируется полностью. Параллельно на базе «Зона 55» генерал Стрикленд изучает и удерживает других пойманных симбиотов.
Кульминация наступает в «Зоне 55», где ксенофаги атакуют лабораторию. Освобожденные симбиоты временно сливаются с персоналом (доктор Пэйн становится Агонией, Сэди Кристмас — другим симбиотом), но чудовища Налла оказываются практически неуязвимыми. Понимая, что единственный способ уничтожить Кодекс и не дать Наллу освободиться — это смерть одного из них, Веном насильно отделяется от Эдди. Он стягивает всех ксенофагов под установку с кислотным душем, укрывает Эдди обломком бронедвери и сгорает в кислоте вместе с монстрами при содействии генерала Стрикленда.
В финале с очищенного от обвинений Эдди снимают подозрения, и он в одиночестве любуется Статуей Свободы в Нью-Йорке. Сцена в середине титров показывает разъярённого Налла, объявляющего, что вселенная падёт. В сцене после титров в руинах базы рядом с выжившим барменом пробегает таракан возле разбитой колбы, намекая на уцелевшую микрочастицу Венома.