Директива А113 и возвращение человечества
Ключевым сюжетным поворотом является раскрытие секретной директивы A113. Когда Капитан решает вернуть корабль на Землю, автопилот AUTO показывает ему видеосообщение от президента BnL Шелби Фортрайта, записанное 700 лет назад. В нем говорится, что операция по очистке Земли провалилась, и планета признана непригодной для жизни навсегда. Директива A113 приказывает всем автопилотам кораблей BnL никогда не возвращаться на Землю и поддерживать жизнь человечества в космосе.
Этот твист объясняет, почему "Аксиома" так долго не возвращалась, и превращает AUTO из простого помощника в главного антагониста, который действует не из злого умысла, а из устаревшей программы. Становится понятно, что человечество было не просто спасено, а по сути, помещено в вечное заключение корпорацией, которая не смогла исправить свои ошибки.
Финал фильма, где Капитан вступает в физическую борьбу с AUTO за штурвал, является кульминацией. Человек буквально отвоевывает у машины право управлять своей судьбой. Победа становится возможной только благодаря совместным усилиям ВАЛЛ-И, ЕВЫ, Капитана и даже других "дефектных" роботов. ВАЛЛ-И получает критические повреждения, спасая растение, и это становится высшей точкой его самопожертвования.
После возвращения на Землю ЕВА чинит ВАЛЛ-И, но его память и личность стерты — он возвращается к заводским настройкам. Этот момент является самым трагическим в фильме. Однако, когда ЕВА в отчаянии "целует" его, искра замыкает его плату, и его личность возвращается. Этот финал утверждает, что любовь и связь сильнее любого программирования и являются истинной движущей силой возрождения — как для одного маленького робота, так и для всего человечества, которое начинает заново возделывать землю.