Ключевым сюжетным поворотом первого сезона является геноцид на острове Дженоша, устроенный организацией «Операция: Нулевая терпимость» во главе с Бастионом. Эта атака, в результате которой погибает Гамбит и, как изначально предполагалось, Магнето, становится катализатором для всех последующих событий. Она разрушает мечту о безопасном доме для мутантов и толкает выживших на путь мести.
Другой важный твист — раскрытие личности главного антагониста. Бастион оказывается не просто человеком, ненавидящим мутантов, а уникальным гибридом человека и технологии Стражей, рожденным от слияния его отца с кибернетическим организмом Нимродом. Это делает его личную вендетту против мутантов еще более зловещей, так как он видит в себе будущее человечества, очищенное от «гена Икс».
Финал сезона полностью переворачивает шахматную доску. После победы над Бастионом, Люди Икс не возвращаются к нормальной жизни. Из-за действий Магнето, который вырвал адамантий из скелета Росомахи, и последующей попытки Ксавье ментально «отключить» Эрика, происходит временной парадокс. Астероид М вместе с командой исчезает. Герои оказываются разбросанными по времени: Роуг, Ночной Змей, Зверь, Ксавье и Магнето (потерявший память) попадают в Древний Египет, где сталкиваются с молодым Эн Сабах Нуром — будущим Апокалипсисом. Циклоп и Джин переносятся в далекое будущее (3960 год н.э.), где встречают клан Аскани и своего юного сына Нейтана, которому суждено стать Кейблом. Сцена после титров показывает современного Апокалипсиса, который прибывает на руины Дженоши, находит игральную карту Гамбита и зловеще заявляет о «смерти». Это прямой намек на то, что во втором сезоне он воскресит Гамбита в качестве своего всадника Смерти, как это было в комиксах.