Тайна «Нулевого реверса»: Взрыв реактора Ener-D, унёсший жизни родителей Юсэя и изолировавший Сателлит, не был случайной технической ошибкой. Его спровоцировал Роман Гудвин, поддавшийся влиянию Тёмных Метканосцев, чтобы открыть врата для древнего зла.
Истинная природа Илиастера (Yliaster): Члены организации Илиастер (Лестер, Примо, Якоб / Апория) — не просто древний культ, а киборги-андроиды, прибывшие из будущего. В их времени прогресс Ener-D и человеческая греховность привели к вызову монстров «Machine Emperors» (Meklord) и полному истреблению людского рода.
Кто такой Z-ONE: Настоящий Z-ONE — ученый из будущего. Когда мир погибал, он хирургическим путём изменил своё тело и разум, став полной копией великого героя прошлого — Юсэя Фудо, чтобы вести людей за собой. Однако он не смог остановить апокалипсис. Потеряв надежду, Z-ONE решил отправиться в прошлое и обрушить цитадель Арк Крейн (Ark Cradle) на Нью-Домино Сити, чтобы уничтожить реактор Ener-D и отменить создание гибельного будущего.
Судьба Бруно: Бруно (Vizor) — перепрограммированный киборг Антиномия, отправленный Z-ONE, чтобы обучить Юсэя технике Accel Synchro (так как для активации Арк Крейдл требовалась энергия Синхро). Восстановив память, Бруно сознательно выбирает дружбу с Юсэем и жертвует жизнью ради его спасения.
Финал: Юсэй совершает Limit Over Accel Synchro, призвав Shooting Quasar Dragon, побеждает Z-ONE и доказывает, что человечество способно изменить себя и уберечь прогресс от катастрофы. Z-ONE осознает свою ошибку и жертвует остатками жизни, чтобы затормозить падение Арк Крейдла. В эпилоге члены Team 5D’s осознанно выбирают свои жизненные пути в разных уголках мира.