"Naruto Shippūden" полон ключевых сюжетных поворотов, которые кардинально меняют восприятие истории.
Правда об Итачи Учихе: Пожалуй, главный твист сериала. Изначально представленный как хладнокровный убийца, уничтоживший свой клан ради проверки способностей, Итачи на самом деле оказывается героем-мучеником. Он выполнил секретный приказ руководства Конохи, чтобы предотвратить гражданскую войну, и пожертвовал своей репутацией и жизнью, чтобы спасти деревню и своего младшего брата Саске. Эта правда, раскрытая Обито после смерти Итачи, становится катализатором для ненависти Саске к Конохе.
Личность Тоби: Загадочный и комичный член Акацуки в оранжевой маске, Тоби, на самом деле оказывается Обито Учихой — погибшим товарищем Какаши, которого тот считал мертвым. Обито выжил и, увидев смерть их подруги Рин (которую, как он считал, убил Какаши), разочаровался в мире и стал марионеткой в руках Мадары Учихи для реализации плана "Глаз Луны". Это открытие полностью меняет динамику отношений между Какаши и главным злодеем войны.
Секрет Пейна: Лидер Акацуки, Пейн, оказывается не одним человеком, а шестью телами, управляемыми на расстоянии Нагато Узумаки, дальним родственником Наруто и еще одним учеником Джирайи. Нагато, осиротевший из-за войн Конохи, стремится к миру через боль. Его встреча с Наруто после разрушения деревни становится идеологической кульминацией, в результате которой Нагато, поверив в путь Наруто, воскрешает всех убитых им жителей ценой своей жизни.
Наследие Наруто: Наруто узнает, что он сын Четвертого Хокагэ, Минато Намикадзе, и Кушины Узумаки, джинчуурики Девятихвостого до него. Его родители погибли, защищая деревню от Девятихвостого, которым управлял Обито. Эта информация дает Наруто чувство гордости за свою семью и помогает ему примириться со своим прошлым.
Истинный финальный враг: После победы над Мадарой и Обито выясняется, что вся история шиноби была частью тысячелетнего плана Кагуи Ооцуцуки, прародительницы чакры, которая стремилась вернуть себе всю силу. Черный Зецу, считавшийся волей Мадары, на самом деле был ее сыном, манипулировавшим всеми поколениями шиноби. Финальная битва происходит не с Мадарой, а с Кагуей, что становится неожиданным, хотя и спорным, поворотом.
Финал конфликта Наруто и Саске: После победы над Кагуей Саске не отказывается от своих планов на революцию, что приводит к их финальной битве. В результате они оба теряют по одной руке, но Саске наконец признает свое поражение и принимает дружбу Наруто. Этот бой ставит символическую точку в цикле реинкарнаций Индры и Ашуры, разрывая их вечное противостояние.