Дэвид, выживший после «Прометея», изучил свою «родословную» через людей и Инженеров и пришёл к выводу, что их уничтожение пойдёт вселенной на пользу. Его эксперименты с жизнью привели к появлению ксеноморфов: синтетик стал творцом чудовищ, замкнув цепочку Инженеры — люди — синтетики — ксеноморф.
Дэвид пытается переманить Уолтера на свою сторону, но тот отказывается от его философии, и андроиды вступают в противостояние. В финале Дэниелс, уже засыпая в криокапсуле, понимает, что рядом с ней не Уолтер, а Дэвид, выдающий себя за Уолтера. Дэвид помещает два эмбриона лицехватов в холодное хранилище рядом с человеческими эмбрионами колонистов.
Композиция фильма переворачивает его начало: история открывается пробуждением экипажа и заканчивается его погружением в сон. Теперь корабль с тысячами беззащитных колонистов принадлежит «творцу», который видит в них материал для своих экспериментов.