Сериал, будучи в основном эпизодическим, не имеет единой сквозной интриги, но его главный "спойлер" кроется в деталях развития персонажей.
Падение Харви Дента: Один из ключевых твистов — это превращение окружного прокурора Харви Дента, друга Брюса Уэйна, в Двуликого. Сериал заранее показывает его ментальную нестабильность и подавляемую агрессию. После того, как босс мафии Сал Валестра обливает его кислотой, его темная сторона полностью берет верх. Это не просто история происхождения злодея, а личная трагедия для Брюса, который теряет друга и винит себя в том, что не смог ему помочь. Финал его арки в сериале остается открытым, но полным горечи: Харви так и не исцеляется, оставаясь вечным напоминанием о поражении Бэтмена.
Происхождение Харли Квинн: Эпизод "Mad Love" раскрывает, что Харли Квинн — это бывший психиатр Харлин Квинзель. Она влюбилась в Джокера, будучи его врачом в Аркхэме, и позволила ему манипулировать собой до полного превращения в его сообщницу. Ключевой поворот заключается в осознании (для зрителя, и частично для самой Харли), что любовь Джокера — это обман. Он видит в ней лишь инструмент и без колебаний пытается от нее избавиться, когда она мешает его планам по убийству Бэтмена. Это раскрывает всю глубину их токсичных и абьюзивных отношений.
Финал сериала: У сериала нет формального финала с титрами "конец". Он плавно перетекает в "Новые приключения Бэтмена" (The New Batman Adventures), который считается его продолжением. Главный итог оригинальных 85 эпизодов — это утверждение Бэтмена в своей роли вечного стража Готэма. Он не победил преступность окончательно, но он создал семью (с Робином, Бэтгерл и Альфредом) и стал неоспоримым символом надежды для города. Скрытый смысл финала в том, что война Бэтмена никогда не закончится; это его пожизненное бремя и сознательный выбор.