Деревня живёт в тени аварии, в которой погибли шестеро молодых людей и водитель другой машины. Жители объявили водителя пьяным виновником и травят его вдову: подбрасывают ей оскорбительные письма и не дают похоронить мужа на кладбище. Лидия, чей сын погиб, поддерживает эту травлю. Её дочь Марта сомневается, что всё было так, как все говорят.
Даниэль, которого в деревне знают как «ксёндза Томаша», объединяет общину, но постепенно встаёт на сторону вдовы. Он добивается похорон водителя на кладбище, и против него выступает местный мэр, связанный с лесопилкой. Параллельно герой сближается с Мартой.
Развязка: в деревне появляется Пинчер, бывший знакомый Даниэля по колонии, и узнаёт его. Потом приезжает настоящий отец Томаш, который раскрывает обман и требует, чтобы Даниэль ушёл. На последней мессе Даниэль молча снимает облачение перед прихожанами и открывает татуированное тело заключённого. Это его исповедь без слов.
Финал: Даниэля возвращают в колонию, где его ждёт жестокая драка с противником из прошлого. Израненный и окровавленный, он выходит победителем и убегает. Финал остаётся открытым.
Скрытый смысл: Деревня переменилась благодаря человеку, которого система отвергла. Но и сама деревня, и церковь, и мир колонии возвращают Даниэля в прежнюю роль, где он может только драться. Название «Тело Господне» задним числом наполняется смыслом: израненное тело героя становится образом жертвы, принесённой ради других.