Ключевой сюжетный поворот фильма заключается в том, что события, которые зритель принимает за начало истории — знакомство Джоэла и Клементины в поезде в Монток — на самом деле являются их второй встречей, произошедшей уже после того, как они оба стерли друг друга из памяти. Весь основной пласт повествования, показывающий их отношения и ссоры, является ретроспективным погружением в сознание Джоэла во время процедуры стирания.
Этот твист полностью меняет восприятие фильма. Становится понятно, что их необъяснимое влечение друг к другу в начале — это не просто случайность, а эхо их прошлой любви, сохранившееся на подсознательном уровне. Последняя фраза Клементины в последнем воспоминании Джоэла, «Встретимся в Монтоке», оказывается пророческой и объясняет его импульсивное решение поехать туда.
Еще один важный спойлер связан с линией Мэри, ассистентки в «Лакуне». Выясняется, что она была влюблена в доктора Мерзвияка, у них был роман, и она уже проходила процедуру стирания, чтобы забыть об этом после того, как его жена все узнала. Когда Мэри обнаруживает эту правду, она приходит в ужас от лицемерия и неэтичности всей затеи. Именно её поступок — рассылка всем клиентам их файлов с записями о причинах стирания — становится кульминацией. Это приводит к тому, что Джоэл и Клементина узнают правду о своем прошлом. Финальная сцена, где они слушают кассеты с перечислением взаимных обид, приобретает огромный вес: они получают возможность начать отношения не с чистого листа, а с горького, но ценного знания о своих будущих проблемах. Их решение остаться вместе — это не наивное начало, а зрелый и смелый выбор принять друг друга со всеми недостатками.