Детальный анализ сюжета «Мистер Куин» раскрывает несколько ключевых твистов, которые становятся понятны лишь при полном просмотре. Главный поворот сюжета заключается в том, что душа настоящей Ким Со Ён не исчезла, а находилась в «спящем» состоянии внутри своего тела. Постепенно ее воспоминания и чувства начинают просачиваться в сознание Чан Бон Хвана, влияя на его решения. Становится ясно, что попытка суицида Ким Со Ён в озере была не из-за неразделенной любви к королю, как все полагали, а из-за интриг и предательства со стороны ее собственного клана.
Второй важный твист — истинная личность короля Чхольчжона. Представленный вначале как безграмотный и слабый правитель-марионетка, он на самом деле оказывается умным и хитрым стратегом, который тайно собирает союзников и готовит государственный переворот, чтобы свергнуть коррумпированную аристократию. Его неграмотность была лишь маской, чтобы усыпить бдительность врагов. Взаимодействие с непредсказуемой «королевой» ускоряет его планы и дает ему неожиданного, но самого верного союзника.
Финал расставляет все по своим местам. Душа Чан Бон Хвана возвращается в свое время как раз в тот момент, когда в прошлом король и королева получают смертельные ранения. В будущем Бон Хван обнаруживает, что его действия изменили историю: король Чхольчжон не вошел в анналы как бесславный правитель, а стал реформатором. В Чосоне же настоящая Ким Со Ён приходит в себя в своем теле. Она выживает вместе с королем и, сохранив часть смелости и уверенности, приобретенной от Бон Хвана, начинает новую жизнь. Скрытый смысл финала в том, что Чан Бон Хван был не просто случайным «попаданцем», а своего рода «ангелом-хранителем» для Со Ён и Чхольчжона, который помог им обоим найти себя и изменить свою судьбу, после чего его миссия была завершена.