Ключевой поворот сюжета заключается в раскрытии истинной цели монаха Дзико-бо: он действует по приказу Императора, который желает получить голову Духа Леса, веря, что она дарует бессмертие. Госпожа Эбоси, стремясь раз и навсегда избавить свой город от власти леса, соглашается помочь ему. Во время трансформации Духа Леса из дневной формы (оленя) в ночную (гиганта-Дайдарабочи), Эбоси удаётся отстрелить ему голову.
Это действие не убивает бога, а высвобождает его разрушительную сущность. Обезглавленное тело начинает бесконтрольно расти, распространяя субстанцию, которая убивает всё живое. Лес погибает, а Железный город оказывается под угрозой уничтожения. В хаосе Моро, богиня-волчица, в своем последнем порыве откусывает Эбоси руку, но сама погибает.
Развязка наступает, когда Аситака и Сан, объединив усилия, догоняют Дзико-бо и отбирают у него голову. Они возвращают её обезглавленному телу бога на рассвете. Происходит колоссальный выброс энергии: Дух Леса исцеляет землю, возвращая жизнь в уничтоженные области, а также снимает проклятие с Аситаки. Однако сам Дух Леса исчезает, так как его время прошло. Сан говорит, что не может простить людей, но всегда будет любить Аситаку. Они решают жить раздельно — он будет помогать восстанавливать Железный город, а она останется в лесу, но они будут навещать друг друга. Финал подчёркивает, что старый мир богов ушёл, и теперь люди должны сами нести ответственность за свои действия и строить будущее, сосуществуя с возрождённой, но уже не волшебной природой.