Ключевой сюжетный поворот и кульминация фильма — это открытие Ковчега Завета нацистами на секретной базе в Эгейском море. Вопреки их ожиданиям, внутри оказываются не скрижали, а лишь песок. Однако затем из Ковчега вылетают призрачные, ангелоподобные духи. Беллок, Тот и полковник Дитрих с восторгом и благоговением смотрят на них. Но прекрасные видения сменяются ужасающими: духи превращаются в ангелов смерти. Их божественная сила обрушивается на нацистов. Лицо Тота плавится, голова Дитриха сжимается, а голова Беллока взрывается. Остальные солдаты погибают от огня, исходящего от Ковчега.
Скрытый смысл: Этот финал является божественным возмездием. Нацисты, воплощение зла и безбожия, и Беллок, ведомый гордыней, были наказаны за попытку присвоить себе силу, им не принадлежащую. Индиана Джонс и Мэрион выживают, потому что Инди, осознав опасность, кричит Мэрион закрыть глаза. Этот акт — символ смирения и понимания, что на определенные вещи человеку смотреть не дано. Их выживание — это награда за уважение к сакральному, в отличие от злодеев, которые хотели лишь использовать его.
Последняя сцена, где Ковчег помещают в огромный ящик и оставляют на бесконечном правительственном складе среди тысяч таких же ящиков, является ироничным и немного циничным комментарием. Величайшая археологическая и религиозная реликвия, обладающая невообразимой силой, скрыта бюрократией. Это отсылка к финалу фильма "Гражданин Кейн". Она подчеркивает, что правительство больше заинтересовано в сокрытии и контроле, чем в изучении. Для "высших умов" Ковчег — лишь очередной секретный объект, а не чудо.