Сага о Макроссе (The Macross Saga): Ключевой поворот сюжета заключается в том, что инопланетные захватчики, гиганты Зентреди, генетически являются предками людей. Они были созданы как раса воинов-клонов и в процессе своего развития утратили культуру, искусство и способность к воспроизводству. Человеческая культура, в особенности песни Линн Минмей, оказывает на них разрушительное психологическое воздействие, пробуждая подавленные инстинкты. Финальная битва выигрывается не только силой оружия, но и трансляцией песни Минмей, которая вызывает массовое дезертирство и хаос во вражеском флоте. После победы Земля лежит в руинах, но выжившие люди и часть Зентреди начинают строить новое совместное общество. Рик Хантер, пройдя через мучительный любовный треугольник, выбирает не поп-идола Минмей, а своего боевого товарища Лису Хейс. Вместе они возглавляют космическую миссию по поиску родного мира Мастеров Роботека.
Мастера Роботека (The Robotech Masters): Вторая сага раскрывает, что Мастера Роботека являются создателями Зентреди и ищут на Земле свой утраченный источник энергии — Матрицу Протокультуры, которая находилась на борту упавшего корабля SDF-1. Главной героиней является Дана Стерлинг, дочь Макса и Мирии из первой саги. Финал этой части трагичен: Мастера побеждены, но их флагман, падая на Землю, распространяет по планете споры «Цветка Жизни», источника Протокультуры. Этот акт превращает Землю в маяк для еще более опасной расы.
Новое Поколение (The New Generation): Третья сага начинается с того, что Земля захвачена расой Инвидов, которых привлекли «Цветы Жизни». Инвиды — раса, эволюционирующая и адаптирующаяся, и они видят в людях угрозу. Сюжет следует за группой повстанцев во главе со Скоттом Бернардом, который пытается добраться до главной базы Инвидов. Финальный твист заключается в том, что правительница Инвидов, Регесс, не является злой по своей природе. Она осознает, что дальнейшее пребывание на Земле и война с людьми приведут её расу к деградации. Одновременно с этим прибывает экспедиционный флот с Риком Хантером, готовый использовать нейтронные ракеты, которые уничтожат Инвидов, но и сделают Землю необитаемой. В последний момент Регесс принимает решение увести свой народ в космос, трансформировав их в существ из чистой энергии. Сериал завершается тем, что Земля свободна, но адмирал Рик Хантер и его флот бесследно исчезают в неизвестном пространстве-времени. Скотт Бернард, попрощавшись с друзьями, отправляется на их поиски, оставляя финал открытым.