Истинная природа Евангелионов и Ангелов: Ключевой твист сериала заключается в том, что Евы — это не роботы, а клонированные живые существа. Ева-01 создана из тела Лилит, второго Ангела и прародительницы человечества. Остальные Евы созданы из тела Адама, первого Ангела. В Еве-01 заключена душа матери Синдзи, Юи Икари, которая добровольно слилась с ней во время контактного эксперимента. Это объясняет, почему только Синдзи может пилотировать Еву-01 и почему она иногда выходит из-под контроля («берсерк»), чтобы защитить его. Ангелы, в свою очередь, не являются злыми захватчиками; они — альтернативная форма эволюции жизни, потомки Адама, которые стремятся вернуться к своему прародителю, что вызовет Третий удар и уничтожит человечество (потомков Лилит).
Проект «Комплементация человечества»: Настоящая цель NERV и её тайных руководителей из SEELE — не победа над Ангелами, а намеренное провоцирование Третьего удара. Их цель — проект «Комплементация (или Инструментальность) человечества». Это принудительная эволюция, в ходе которой АТ-поля, разделяющие людей, будут уничтожены, и все человеческие души сольются в единое, совершенное существо, свободное от боли, одиночества и непонимания. Гэндо Икари преследует свою версию этого плана: он хочет использовать Комплементацию, чтобы вновь соединиться со своей женой Юи.
Личность Рей Аянами: Раскрывается, что Рей — не обычный человек, а один из нескольких клонов Юи Икари, созданных как сосуды для души Лилит. Она является ключом к запуску Третьего удара. В «Конце Евангелиона» она сливается с Лилит, превращаясь в гигантское божественное существо. Однако, вместо того чтобы исполнить волю Гэндо, она отдаёт право решать судьбу человечества Синдзи, потому что он был единственным, кто относился к ней как к личности, а не как к инструменту.
Финал («Конец Евангелиона»): Синдзи, находясь в глубочайшей депрессии после убийства Каору, соглашается на Комплементацию. Начинается Третий удар: гигантская Рей-Лилит собирает души всех людей, которые превращаются в жидкость LCL. Однако, находясь в этом коллективном сознании и осознав ценность индивидуальности, даже сопряжённой со страданием, Синдзи отвергает Комплементацию. Он желает вернуться в мир, где люди снова существуют отдельно. Рей-Лилит распадается, и человечеству даётся шанс возродиться из первичного океана LCL, если они того пожелают. В финальной сцене Синдзи и Аска оказываются на пляже опустошённой Земли. Их взаимодействие (попытка удушения и ответная ласка) символизирует, что их сложные, болезненные отношения — это и есть суть человеческого существования, которое Синдзи выбрал вместо стерильного единства.