Главный сюжетный поворот фильма заключается в разоблачении личности Алой Ведьмы. Ей оказывается Делайла Домино, начальник службы безопасности парка "Kiss World". Её мотивом была месть бывшему работодателю, оборонной компании, у которой она планировала украсть технологию лазера, используя Черный Алмаз. Она создала образ ведьмы, чтобы распугать посетителей и персонал, получив свободный доступ к лаборатории и алмазу во время концерта.
Ключевой твист, меняющий восприятие, — это предложенное командой объяснение всех сверхъестественных событий. Велма предполагает, что газ, который использовала Делайла, вызвал у всех массовую галлюцинацию. Путешествие в Кисстерию, битва с гигантским монстром Разрушителем и суперсилы KISS — все это было плодом их воображения. Эта теория позволяет фильму вернуться в рамки классического канона "Скуби-Ду", где монстры — всегда подделка.
Однако финальная сцена полностью переворачивает это "рациональное" объяснение. Когда все, кроме Шэгги и Скуби, принимают версию с галлюцинацией, они вдвоем видят, как KISS по-настоящему улетают в космос на своем корабле в форме гитары, подтверждая, что они действительно космические супергерои. Решение Шэгги и Скуби скрыть это от Велмы, чтобы "не раскачивать её мир", придает финалу глубину. Это означает, что в мире "Скуби-Ду" магия и наука могут сосуществовать, просто не все готовы принять эту правду.