Ключевой сюжетный поворот заключается в раскрытии истинной мотивации антагониста, доктора Онды. Его ненависть к кайдзю вызвана тем, что его семья погибла во время битвы предыдущего Ультрамена (отца Кена) с монстром. Он считает, что Ультрамены так же виновны в разрушениях, как и кайдзю, и стремится уничтожить и тех, и других, заменив их своей программой механизированной защиты.
Второй важный твист связан с матерью Кена, Эмико. Выясняется, что она не просто пропала, а ее сознание было оцифровано и интегрировано в систему поддержки Ультрамена под именем Мина. Она все это время была рядом со своим мужем и сыном, помогая им. Это открытие происходит в кульминационный момент, когда она помогает Кену и его отцу объединить свои силы.
Концовка фильма показывает, как Кен полностью принимает свою тройную роль. В финальной битве он сражается бок о бок со своим отцом, оба в костюмах Ультраменов, чтобы остановить обезумевшего Онду в его гигантском роботе и предотвратить самоуничтожение робота, которое могло бы разрушить Токио. Кен спасает и город, и Онду, демонстрируя свое новообретенное милосердие. Фильм заканчивается тем, что Кен находит баланс: он становится чемпионом в бейсболе, героем для Токио и, что самое главное, любящим отцом для малышки Эми, которую теперь воспитывает вместе со своим отцом, создав новую, необычную семью. Финальный кадр, где Кен получает сообщение от своей "воскресшей" матери, намекает на возможное продолжение.