«Zoids: Chaotic Century» содержит несколько ключевых сюжетных поворотов, которые полностью меняют восприятие истории. Главный спойлер первой части сериала заключается в том, что регент Империи Гайлос, Гюнтер Прозен, на самом деле является потомком древнего Зойдианца, который стремится не просто захватить власть, а возродить апокалиптического Зоида — Смертозавра (Death Saurer), чтобы обрести бессмертие и абсолютную власть. Он манипулировал и Республикой, и Империей, чтобы спровоцировать войну, энергия конфликта от которой была необходима для пробуждения монстра.
Судьба Рейвена также является ключевым элементом. Выясняется, что его ненависть к Зоидам вызвана тем, что его родителей убил некий Органоид, а сам он был спасён и воспитан Прозеном, который использовал его как пешку. В финале первой части Рейвен, одержимый битвой с Ваном, сливается со своим Генозавром и Смертозавром, но терпит поражение. Его не убивают, но он остаётся в коме, что готовит почву для его сложной арки во второй части, «Guardian Force».
Главный поворот второй части связан с личностью основного антагониста, Хилтца. Он, как и Фиона, оказывается древним Зойдианцем. Однако, в отличие от Фионы, которая стремится спасти планету, Хилтц желает её уничтожить, чтобы «очистить» от людей, которых он считает паразитами. Он верит, что это единственный способ остановить бесконечный цикл войн. Его конечная цель — слиться с ядром Смертозавра и Зоидом Евой, чтобы запустить процесс уничтожения всей жизни. Таким образом, финальный конфликт — это не просто битва за мир, а битва за само право на существование.
Наконец, раскрывается истинная природа Фионы и Зоида Евы. Фиона — это часть сознания Зоида Евы, посланная в мир, чтобы найти способ предотвратить грядущую катастрофу. Зоид Ева оказывается не просто могущественным Зоидом, а коллективным разумом и источником жизни всех Зоидов на планете. В финале, после победы над Смертозавром, Фиона сливается с Зоидом Евой, чтобы исцелить планету, прощаясь с Ваном. Однако в последней сцене подразумевается, что она может вернуться, оставляя финал открытым и обнадёживающим.