На протяжении трех сезонов сериал не имеет единой сквозной сюжетной линии, строясь на отдельных скетчах. Однако финальный эпизод третьего сезона, который стал финалом всего сериала, предлагает радикальное завершение истории. В последнем сегменте, после очередной серии хаотичных приключений, на студию Warner Bros. падает гигантский метеорит, предположительно уничтожая всех персонажей. Последний кадр показывает пустую водонапорную башню на фоне дымящихся руин.
Этот финал является высшей точкой мета-комментария сериала. Его можно интерпретировать несколькими способами. Во-первых, это окончательный и бесповоротный удар по культуре перезапусков. Уничтожив студию и персонажей, создатели как бы говорят: "Все, хватит. Не нужно больше продолжений и ремейков. История закончена". Это радикальный жест, который предотвращает любые будущие попытки "воскресить" персонажей снова. Во-вторых, это может быть сатирой на внезапные отмены сериалов стриминговыми сервисами. Часто шоу закрываются без логического завершения, и финал "Animaniacs" доводит эту идею до абсурда, предлагая самое внезапное и разрушительное окончание из всех возможных. В-третьих, с точки зрения внутренней логики мира, это единственный способ по-настоящему остановить неудержимый хаос Уорнеров — не запереть их в башне, а полностью стереть с лица Земли. Этот финал, понятный только после просмотра всего сериала с его постоянной самоиронией, является последней и самой большой шуткой "Animaniacs" над Голливудом и над самими собой.