Главный сюжетный поворот «Дня Доктора» заключается в том, что Доктор на самом деле не уничтожил Галлифрей. На протяжении всего возрождённого сериала (с 2005 года) зрители и сам персонаж жили с осознанием того, что Доктор совершил двойной геноцид, уничтожив и Повелителей Времени, и далеков, чтобы закончить Войну Времени. Этот груз вины был основой его характера.
Фильм полностью переворачивает эту парадигму. Под влиянием Клары, которая умоляет его быть Доктором, а не воином, три воплощения героя придумывают гениальный план. Используя технологию стазис-кубов (представленную ранее в виде 3D-картин), они объединяют усилия всех тринадцати своих инкарнаций. Совместной мощью своих ТАРДИС они замораживают всю планету Галлифрей в одном-единственном моменте времени и перемещают её в карманную вселенную. Для остальной вселенной кажется, что флот далеков уничтожил сам себя, перекрестным огнём атаковав пустую точку в пространстве, где только что была планета. Галлифрей спасён.
Этот твист имеет колоссальные последствия. Во-первых, он снимает с Доктора вину за геноцид. Во-вторых, он даёт ему новую цель — найти дорогу домой, к Галлифрею. Однако из-за парадоксального схождения временных потоков только Одиннадцатый Доктор сохранит память об этом событии. Военный, Девятый и Десятый Доктора продолжат верить, что они уничтожили свой дом, тем самым сохраняя целостность уже показанных событий. Таким образом, Стивен Моффат находит способ изменить прошлое, не создавая при этом сюжетных дыр. Финальная сцена с Куратором (Томом Бейкером) намекает, что поиски увенчаются успехом, и Доктор однажды вернётся домой.