В отличие от первого фильма, где Насименту борется с внешним врагом — наркоторговцами, «Враг внутри» полностью переворачивает его мир. Ключевой поворот сюжета происходит, когда Насименту, став заместителем министра безопасности, понимает, что его успешная война с наркотрафиком лишь расчистила территорию для нового, более страшного зла — ополчения (милиции), состоящего из коррумпированных полицейских и возглавляемого его бывшим коллегой Рошей.
Эти милиции, крышуемые политиками, включая губернатора, берут под контроль фавелы и облагают данью все сферы жизни, от кабельного телевидения до продажи газа. Они действуют под прикрытием закона и при поддержке СМИ. Попытки Насименту бороться с ними изнутри системы проваливаются. Трагедия достигает пика, когда система наносит удар по самым близким ему людям. Коррумпированные полицейские убивают его преемника в BOPE, капитана Матиаса. Позже, в ходе покушения на правозащитника Фрагу, от пули погибает сын Насименту, Рафаэль, который оказался рядом.
Эта личная трагедия становится для Насименту точкой невозврата. Он понимает, что проиграл войну. Единственное, что ему остается — это отомстить и разоблачить всех. Он записывает на диктофон компрометирующий разговор с теми, кто стоит за системой, и затем выступает на заседании парламентской комиссии в столице. В своей финальной речи он сдает всю верхушку: от командиров полиции до губернатора и депутатов, предоставляя неопровержимые доказательства. Он сознательно разрушает остатки своей жизни и карьеры, чтобы предать гласности правду. Фильм заканчивается на пессимистичной ноте: Насименту говорит, что «Система» выживет и найдет новых исполнителей, но его поступок — это попытка разорвать порочный круг, даже если для него самого все кончено.