Развитие событий: Девочка Амели рождается в Японии и первые два с половиной года проводит в состоянии полного оцепенения, из-за чего врачи считают её «овощем». Внутри же себя Амели считает себя величественным Богом. Землетрясение на втором году жизни подталкивает ее к первому проявлению активности, но из-за неспособности управлять телом она погружается в полугодовую полосу истерик. Приезд бабушки Клод из Бельгии и вкус белого шоколада даруют ей физическое пробуждение: Амели мгновенно начинает бегать и изъясняться связными фразами. Вскоре семья нанимает домработницу Нисио-сан, которая открывает девочке красоту японской природы и знакомит её с кои в пруду. Нисио-сан делится своей семейной трагедией (потерей близких во время войны), благодаря чему Амели впервые сталкивается с понятием чужого горя. Вскоре приходит известие о смерти бабушки Клод в Бельгии, что заставляет девочку осмыслять смерть. На семейной поездке к морю Амели чуть не уносит волной, но её спасает брат Андре, с которым у неё до этого были напряженные отношения.
Развязка и смысл концовки: Кульминация наступает у пруда с карпами кои хозяйки дома Касима-сан. Амели падают в воду. Оказавшись в глубине среди гигантских гипнотизирующих рыб с открытыми ртами, девочка переживает панический страх гибели. В этот момент её «божественный» статус рушится: вместо мысленного повеления морю и суше она кричит на французском языке: «Au secours!» («На помощь!»). Её спасают, но этот момент знаменует её окончательное человеческое перерождение. Девочка понимает: она — не бессмертный бог, а смертный человек. Прощаясь с возрастом трех лет и детской иллюзией всемогущества, Амели с радостью принимает свою новую жизнь, где есть память, любовь, уязвимость и бесконечная красота окружающего мира.