Главный твист — истинная природа Моря Порчи: Ключевое открытие фильма, которое переворачивает представление о мире, заключается в том, что ядовитый лес не является источником заражения. На самом деле, он выполняет функцию гигантского природного фильтра. Деревья и грибы впитывают токсины из отравленной человеком почвы и воды, кристаллизуя их в безвредный песок в глубинах леса. Чистый мир существует под лесом. Навсикая и Асбель обнаруживают это, провалившись сквозь зыбучие пески. Это открытие полностью меняет парадигму: врагом является не лес, а наследие индустриальной эпохи. Попытки уничтожить лес, как планирует Кушана, приведут лишь к высвобождению накопленных ядов и окончательной гибели человечества.
Мессианская концовка и исполнение пророчества: Финал фильма прямолинеен в своей символичности. Древнее пророчество Долины гласит о спасителе, "облаченном в синие одежды", который "спустится на золотое поле" и восстановит связь людей с землей. Когда Навсикая пытается остановить разъяренное стадо Ому, спровоцированное жителями Педжита с помощью раненого детеныша, ее одежда окрашивается в синий цвет от его крови. Она погибает под натиском гигантских насекомых. Однако, увидев ее жертву и воссоединившись со своим детенышем, Ому успокаиваются. Они поднимают безжизненное тело Навсикаи на своих бесчисленных золотых щупальцах, которые образуют то самое "золотое поле", и исцеляют ее. Это чудо на глазах у всех народов (жителей Долины, тольмекийцев и педжитцев) останавливает конфликт и утверждает Навсикаю в роли мессии, объединившей людей и природу. Это становится доказательством того, что путь сострадания и жертвенности, а не войны, является единственным путем к спасению.