Полный анализ сюжета раскрывает несколько ключевых моментов. Во-первых, становится ясно, что Джон Коффи не убивал девочек. Когда Пол берёт Джона за руку, тот передаёт ему часть своей силы, показывая видение: настоящий убийца — это другой заключённый, Уильям «Дикий Билл» Уортон. Джон нашёл девочек уже после того, как Билл их убил, и пытался их исцелить, но было слишком поздно. Именно в этот момент его и застали, плачущего над их телами, что и привело к ложному обвинению.
Во-вторых, дар Джона имеет и обратную сторону. Он может не только вбирать в себя болезни, но и выпускать их в виде роя тёмных «насекомых». Это знание становится ключевым для кульминации. Коффи не исцеляет начальника тюрьмы Хола Мурса от опухоли его жены Мелинды, а вбирает её в себя, но не выпускает. Позже он передаёт эту «болезнь» жестокому надзирателю Перси Уэтмору. Под её влиянием Перси теряет рассудок и убивает Дикого Билла, осуществляя таким образом правосудие, которое не смогла обеспечить система. Затем Перси впадает в кататоническое состояние и отправляется в ту самую психлечебницу, куда так стремился перевестись.
Концовка фильма раскрывает главный твист: исцелив Пола от инфекции, Джон передал ему частичку своей жизненной силы. Это привело к тому, что и Пол, и воскрешённый мышонок Мистер Джинглс живут неестественно долго. В финале мы узнаём, что Полу уже 108 лет. Он рассказывает, что пережил всех своих родных и друзей, включая жену и детей. Его долгая жизнь — это не дар, а проклятие, вечное наказание за то, что он позволил миру убить Божье чудо. Фильм заканчивается осознанием Пола, что его собственная «Зелёная миля» будет мучительно длинной.