Фильм содержит один из самых масштабных сюжетных поворотов в истории КВМ: Щ.И.Т. был скомпрометирован ГИДРОЙ с самого момента своего основания. Ученые, такие как Арним Зола, нанятые правительством, тайно заразили организацию изнутри. Этот твист полностью меняет восприятие всех предыдущих фильмов Marvel, показывая, что герои долгие годы неосознанно работали на фашистский культ.
Второй мощный спойлер — истинная личность Зимнего Солдата. Им оказывается Баки Барнс, лучший друг Стива Роджерса, который не погиб в первом фильме, а был спасен, подвергнут экспериментам и промывке мозгов. Это добавляет огромный личный вес конфликту: Стив должен остановить угрозу, не убивая при этом своего лучшего друга.
Концовка, в которой Стив падает в воду, отказываясь драться, пробуждает в Баки фрагменты памяти, заставляя его спасти Роджерса. Это оставляет конфликт открытым и дает Баки шанс на искупление в последующих фильмах.