Центральным элементом сюжета является развитие отношений между Леоном и Матильдой. Изначально не желая впускать ее в свою жизнь, Леон постепенно привязывается к девочке. Он становится для нее наставником и защитником. Ключевой поворот происходит, когда Матильда, движимая нетерпением, решает сама отправиться убивать Стэнсфилда. Она терпит неудачу, и Леону приходится спасать ее, вступая в открытую конфронтацию с коррумпированными агентами УБН.
Этот поступок приводит к трагической развязке. Разъяренный Стэнсфилд выбивает из мафиози Тони местонахождение Леона и стягивает к его дому огромные силы полиции. Во время штурма Леон, понимая, что им не уйти вместе, спасает Матильду, выбив для нее проход в вентиляционной шахте. Перед расставанием он впервые говорит ей, что любит ее, давая ей силы уйти. Это признание, понятое после полного просмотра, является не столько романтическим, сколько прощальным — он дает ей то, что она хотела услышать, чтобы она ушла и спаслась.
Финальный твист заключается в самопожертвовании Леона. Будучи смертельно раненым в спину Стэнсфилдом у самого выхода из здания, он не просто умирает. Он делает "подарок от Матильды" — передает Стэнсфилду чеку от гранат, спрятанных у него под жилетом. Взрыв уничтожает обоих, завершая миссию мести Матильды, но ценой жизни ее единственного друга. Концовка, где Матильда сажает растение Леона в землю, символически дает ему "корни", которых у него никогда не было, и означает для нее начало новой, мирной жизни, в которой она будет хранить память о нем.